中世纪末期，随着欧洲教会势力的增强、君主权力的削弱、半自治性质的城市和商业的发展、来自于社会底层劳动者及同情他们境遇的知识者对打破贵族－平民等级关系的强烈要求，使欧洲陷入一个不确定的状态。
这些以前在罗马帝国时期不曾遇到的问题，甚至在雅利安人的后裔征服世界的过程里都不曾遇到的问题，现在成为欧洲知识精英们的一种巨大困惑。
恰恰这时，希腊和罗马时期的思想与科学研究成果重新进入了他们的视野，为他们开启了探索真理和反省自身的智慧之门。
特别是一批年轻的教士们，在神学知识基础上，已经具备了独立理解和分析神学和世俗学问的能力，似乎解决这些问题，成为那些矢志为人类服务的年轻教士们的责任。
在这些年轻的教士们走上历史舞台之前约年前的时代里，那个主要以《忏悔录》、《论三位一体》、《上帝之城》等著作闻名的神学哲学家，由滥欲者转为基督教的坚定信仰者、任过希波主教的圣奥古斯丁（－年），已经对基督教有关圣父、圣子、圣灵三者的一体性、唯一性、完美性、至善和超能、原罪和赎罪、欲爱和禁欲、信仰和化体等基本问题，进行了超然的、哲学的和激情的论述。
这一论述不仅将年君士但丁皇帝的尼西亚会议上确立的有关基督教的教义，在理论上合法化，而且将以色列人的神耶和华上帝予以架空，使基督教成了日耳曼人的宗教，而且将犹太人和耶和华之间订立的契约，硬生生涂改为耶稣与全体雅利安人后裔之间的无条件统治－服从关系的“神圣”法律（宗教裁判所大概就建立在这一法律关系上），以至于引导中世纪的信徒们（包括主教和神父）将弥撒仪式弄得神圣而庄严，连那些献给基督的面包和酒，都因为弥撒仪式的进行而分有了神性，是的，吃掉这些面包、喝下这些酒的人，就会相信神性籍由仪式而传导给了虔诚的信徒。神父们大概是因吃了够多的化体，而具备了在人和神之间进行二次传导的能力。
尽管这种极端的信教行为曾俘虏过绝大多数欧洲人的心，但敢于表示异议的人也正在悄悄地滋长，他们不能明确反对这一带有巫术性质的行为，只能委婉地提出另一种见解，认为圣礼中的吃面包与喝酒，（与中国人吃祭祀祖先的供品一样），只是一种对拿撒勒的耶稣的一种表示怀念的行为，神父只是弥撒仪式的主持者而已。
如果事情到这里为止，科学便不能冲破宗教的藩篱，也不能突破经院哲学扎制的篱笆。
这种对宗教仪式的质疑背后，潜伏着这样一种判断：日益严酷的宗教信仰，以及由信仰而衍生的禁欲主义、执着的信念、繁杂的仪式、众多的教规，特别是教士们那些越来越偏离正常人的生活和人们常常听说的他们对财富的贪婪、对乖张行为的偏好等等，是否是耶稣本人的的意愿呢？
当种种疑问越来越浓重时，来自中国的造纸术和印刷术，在十五世纪的欧洲得到了成功的应用（年意大利用纸成功地印刷了古登堡版的《圣经》）。
原来只能为少数人阅读且阅读起来非常费力的圣经，成了一般信徒手中的读物，承载着基督教教义的那些耶稣的言论和事迹，不再是教士们的专利，普通信徒都可以通过纸面的阅读而给出自己的独立思考了。
尽管圣经的读者们从圣经里吸取的是他们的良心所同意的东西，但明显地与神父们的教诲不同的、或是神父们的行为明显不符合的、或是国王们与贵族们未能按照圣经所许可的种种问题，很快便袒露在信徒们的面前，引起了普通信徒更深的疑虑及不满。
在这样的宗教氛围下，教皇及教会的影响力开始被怀疑的空气吹拂。
那些由于接受亚里士多德思想的年轻教士们，或正在教会学校学习的未来教士们，在这样的空气中再来理解那艰涩、深奥的以奥古斯丁著作为主的经院哲学时，潜藏着的丝丝怀疑，便如门缝中侵入的寒风，将圣经的书页翻弄得出现了残缺。于是在城市的杂货摊上和讲究的书斋里，出现了一种共同的倾向。
对此，赫·乔·韦尔斯告诉我们：
“当在市场上和日常生活方式中人们对教士的道德和正直、独身生活是否真正和恰当、以及教皇的税收是否公正等等提出疑问时；当神学界人士全神贯注于化体的问题，即弥撒里的面包和酒是否神圣的问题时，在书斋里和讲堂上对普通天主教的教导方法正在进行一场范围更广的批评。”①
这种日益激烈的批评风潮，引导着那些智力卓越而品质端庄的人（主要是年轻的教士），去把神学的真理与哲学的真理进行区分，以便通过区分来维持神学的尊严和哲学的理性，或者说通过运用哲学的逻辑思维来将神学装点得更加尊严。
那早在十三世纪已经由英国人罗吉尔·培根（约－年）大声疾呼的问题，又重新回荡在十五世纪的欧洲上空：“不要再受教条和权威的统治了，看看这个世界吧！”
不仅如此，罗吉尔·培根宣布，只要我们不受权威尊崇、习惯势力、无知群众的感觉、骄傲自负而不愿受教的束缚，一个有力量的世界就会向人类开放：
“没有划手的航行机器是可能的，由一个人驾驶的，适合在江河洋海航行的大船，可以比挤满了划手的航行得更快。同样的，也可以制造出无须畜力拖拉的车，而由不可估量的动力来开动，有点像我们想到的古人在上面作战的装有镰刀的战车那样。飞翔的及其也是可能的，一个人坐在里面运转某个机关，人工翅膀就会像飞鸟那样腾空而起。”
罗吉尔·培根当然没有见过希特勒的坦克、俄罗斯的战舰和美国人的战斗机，但他一定知道人类飞翔的梦想和亚里士多德对这个问题的探讨。
此外，他可能也知道阿基米德那台由螺旋永动机推动着的永远可转动的水磨，只是无法确定他有没有听说过三世纪中国诸葛亮制作的木牛流马，也无法确定他有没有听说过九世纪的时候，中国人已经在使用水力轮式水磨了。
显然，一个有力量的世界不是来自于上帝，而是来自于自然，来自于自然界的诸多奥妙同人类智慧的结合。
而认为上帝是人世间主宰的思想是不能够实现这个结合的，而且，人类迄今为止的所有宗教，除了给人类描绘过那些超自然的力量对于人类的胁持外，还从来没有什么宗教力量可以帮助人类去轻松地耕地、快速地将肥料运到地里、并且可以使我们比马还快地在大地上驰骋，更不用说实现那飞翔的梦想了。
这种寻求力量的种子一旦种下，便会在人们的头脑中生根，就像追求长生不老的梦想曾经使东西方的人们共同喜欢炼丹术一样，欧洲人因宗教的禁锢而让智慧之光顽强地去寻找着突破其禁锢的方向。
显而易见的一个问题是（我们暂且把自己当作13世纪、14世纪那些熟读经院哲学的年轻人吧），如何能证明上帝是的确存在呢？或者说上帝的那些无所不能的力量来自于哪里呢？
托马斯·阿奎那（－年）为了证明上帝的存在，花了30年的时间，力求运用逻辑的方法和力量，来推理上帝存在的合理性，但除了用单一、完美、无限、永恒、一致等概念外，他无法找到更具说服力的事证。
但阿奎那的推理与证明，将上帝放在了一个至高的存在位置，这个位置是世俗和世俗的学问（包括哲学）所不能及的，因此具有了将神学与哲学相分离的意蕴。
这个分离，无意中、也恰恰是起到了将知识从宗教信仰中剥离开来的作用，也就是说将知识从宗教的禁锢中解放了出来。所以，不管人们对上帝是怎样的一个态度，都不应妨碍他去对知识进行探讨。
阿奎纳认为证明上帝的最好方法，是先排除那些不可能是上帝的东西，而上帝拥有的五个基本属性是其他的事物所没有的。第一，上帝是简单的，并没有各种组成的部位，例如身体或灵魂、或者物质和形式；第二，上帝是完美的、毫无破绽的，上帝与其它事物的差异便在于完美无瑕这个特征上；第三，上帝是无限的，且并没有如其它事物那样有着实体上的、智能上的、或情绪上的限制；第四，上帝是永恒的、不变的，亦即上帝的本质和特征是无法像一般事务那样可以改变的；第五，上帝是一致的，这一致性本质就如同上帝的存在一般。因此，阿奎那的结论是：“上帝存在：这个命题必然是真的，其主题和结论皆为如此。②
另一个次一点重要的问题是，阿基米德早在年前就认为地球是圆球状的并围绕着太阳旋转，而教会宣称地球是一个圆形的物体且是宇宙的中心，到底谁对呢？
对于认为天主教是“一个贩卖欺骗的店铺”，且相信“真理只有一个，他不是在宗教之中，而是在科学之中”的达·芬奇（－年）来说，可以直接地认为地球不是太阳系的中心，更不是宇宙的中心，而只是一颗绕太阳运转的行星。
但对于身为天主教教士的波兰人哥白尼（－年）来说，这样简单的判断则是不够的，他必须拿出像样的证据出来，不然宗教裁判所的大门会将他的真知灼见永远封闭在黑暗之中。因此，他必须运用所学到的天文观测技术和来自于希腊的天文学理论，进行艰苦的求证工作。
好在达·芬奇所开创的、也曾为炼丹术士们所孜孜追求的、并为罗吉尔·培根（那个弗兰西斯·培根在年才出生）所主张的“实验”方法——通过不断的探索和实例验证来发现一个假定的存在的方法，使得哥白尼相信，可以通过反复的计算和观测，来求证地球、太阳和其他那些著名的天体之间的关系③。
他观察月食、观察太阳的升起和降落，站在海边观察渐渐远去的在波罗的海上航行的帆船、在寒冷而晴朗的夜晚通宵观测星体的位置和与地球之间的距离，这些艰苦的工作使他确信且可以通过星体之间距离的计算来证实他所确信的：地球是一个球体，而且有规律地围绕着太阳旋转。
达·芬奇反对经院哲学家把教义和过去的言论作为知识的基础，他认为人们应向大自然学习，到自然界中寻求知识和真理，并认为知识起源于实验。
此外，还有关于布鲁诺、伽利略、开普勒在天文学方面的成就，牛顿在地球引力和古典力学方面的成就，哈维在解剖学方面的成就、笛卡儿、莱布尼茨在数学方面的成就，以及笛卡儿、霍布斯、斯宾诺莎、莱布尼茨等在哲学方面的成就，弗兰西斯·培根在实证科学方面的研究成就，但丁、弥尔、莎士比亚等在文学和戏剧方面的成就等，对于思想和科学发展的贡献，大家都比较熟悉，这里就不一一介绍了。
因为我们
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